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2019年末出现的新型冠状病毒SARS-COV-2对全球人类健康构成了无时无刻不在的威胁。在2020年3月初,世界卫生组织认为COVID-19(SARS-COV-2引起的疾病)可被定为大流行病。生信分析截止到2021年3月2日,全球范围内的确诊病例已经超过1.1亿,死亡病例超过250万。在往期推文中(:利用Nextstrain全面了解新冠病毒)我们已经介绍过一个研究SARS-CoV-2的传播和演变的开源项目。
通过生信分析对新冠病毒的基因序列进行挖掘,了解新冠病毒的传播和演变,对采取有效的公共卫生措施和监测非常重要。今天,小编就跟大家继续拓展生信分析系列,分享一下如何对新冠病毒的基因序列进行分析
GISAID建立于2008年5月,是由全世界一些较权威的医学科学家组建,致力于改善流感数据的共享。目前GISAID上已经存放了超过58万条来自世界各地实验室的新冠病毒序列数据。除了序列信息外,GISAID还提供序列的meta数据,包括病毒采集的地方和日期,序列提交的时间,序列的质量,提交的实验室等。
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