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2019年年底新冠疫情爆发时，上海市公共卫生临床中心（SPHCC）的P3生物安全实验室研究团队部署了Illumina MiniSeq™来对患者样本进行深度的转录组测序。SPHCC是最早发布SARS-CoV-2基因组序列（包括其临床、流行病学和生物学特征）的机构之一，肿瘤检测这为初步了解该病毒赢得了宝贵的时间。
SPHCC是中国领先的病院微生物和传染病研究机构，在公共卫生防护和研究方面发挥着重要的作用。为了积极有效地预防未来的传染病，SPHCC正在开发全面的公共卫生早期预警系统，这需要深入的病原微生物专业知识。
考虑到这一点以及其他项目，SPHCC和Illumina最近在中国上海设立了SPHCC-Illumina微生物基因测序研究与应用示范中心。该中心的主要目标是加速病原微生物的研究和临床检测，促进中国的学术交流和人才培养。Illumina将提供技术支持和培训，推动学术交流。双方将共同推广新一代测序（NGS）技术。
“NGS是病原微生物检测领域的基石，能为研究人员探索重要发现提供有力支持。Illumina领先的技术可以帮助我们更快、更准确地了解传染性疾病的传播途径、并发症、突变率和其他重要信息。”SPHCC党委书记卢洪洲教授说道。“这为疫苗开发以及临床诊断和治疗奠定了坚实的基础，它将帮助预测和预防未来的流行病，为传染性疾病防治的战略规划提供科学依据。”
Illumina副总裁兼大中华区总经理李庆表示：“长期以来，Illumina一直关注着病原微生物领域，我们希望与SPHCC的合作能在未来加强人们对NGS的认知，扩展基于NGS的应用。我们相信这些努力将为中国的公共卫生做出贡献。”
在大流行期间，Illumina的NGS技术在全球得到广泛的运用，以支持治疗和疫苗开发、诊断、筛查以及监测等研究。例如，英国剑桥的Illumina实验室正在与Genomics England合作，对35,000名COVID-19患者进行基因组测序。研究人员将检测从中度到重度的各种感染反应。在新德里，基因组学和整合生物学研究所已经验证了Illumina COVIDSeq检测。在实验室之外，Illumina已经在四大洲作出了实际的贡献，包括在疫情爆发初期为武汉捐赠200万元人民币，用于购买紧急医疗物资。
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