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在医大一院工作期间，曾到辽宁中医学院、沈阳军区陆军总院短期进修，两次去日本考察与研修。曾任中国医科大学附属第一医院慢性病院副院长。为中共党员，技术职称为教授。
1960年以来，李惠元除从事临床医疗工作和医疗行政工作外，曾参加研制“脉冲式超高频治疗机”及对原发性高血压病进行临床疗效观察。参与了医大一院“同位素钴60治疗室”和“高压氧舱”的设计与建造。1978年后参与了医院的各项改革活动。
李惠元结合医疗实践开展学术研究，曾发表过多篇论文和译文，主要有《试论价值规律与提高医疗质量》、《试论医疗仪器六字管理原则》、《中国实行安乐死为时过早》、《试论医生自我保护意识》、《处理医疗纠纷的适用法律》、《紫外线治疗面部疖肿》(原为俄文)、《医疗纠纷增多的原因分析》、《关于医疗病人流程中责任点划分的初探》。上述论文在国内学术界产生了积极影响。
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