杭州市第三人民医院创建于1950年，其前身是解放军某部疗养队和浙江省人民政府卫生科、省府门诊所合并而成的浙江省卫生厅直属保健院。1995年，医院提出"以皮肤科为龙头，建设有专科特色综合性医院"的崭新的办院思路，调整医疗结构，拓展皮肤科、肛肠科、眼科等科室的专科、专病特色，加强内、外科基础建设，扩建制剂室，引进大型先进的现代医疗设备，并通过建造和购买医疗用房的形式加快医院基础工程建设，使医院发展迈上了快车道。
医院坐落于杭州市区东大门，是一家具有专科特色的市属综合性三级医院，为浙江大学医学院附属杭州市皮肤病医院、浙江中医药大学附属杭州第三医院和安徽医科大学杭州临床学院，荣获“全国精神文明建设工作先进单位”、“全国百姓放心示范医院”、“全国文明单位”、浙江省文明单位”、“浙江省级绿色医院”、“杭州市创建文明行业工作先进单位”、首届“我心目中的杭州品牌”等荣誉称号。2003年9月，通过公开竞标，杭州市首家慈善医院——杭州市惠民医院在医院挂牌成立。
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