南京军区总院是一所医教研协调发展的大型综合性医院。1994年首批被评为三级甲等医院,1999年获得全国百佳医院称号,2000年经人事部批准,在全国医院系统首家设立博士后科研工作站,2002年被批准独立招收博士后。2003年7月,医院内科学、外科学被国务院学位委员会、教育部批准为博士学位授予权学科。同年医院荣获全国拥政爱民模范单位称号。2004年成为军队博士后管理信息中心。
南京军区总院以建设国内一流、军内领先、与国际接轨的现代化医院为总目标,以全面建设,重点突破,提高层次,扩大影响,真情回报部队和社会为发展思路。坚持以人为本的管理理念,坚持科技兴院、人才强院的发展战略。积极推进医院后勤保障社会化,积极运用现代科技管理手段,大力推进医院信息化建设,建有400多个终端的计算机局域网；自主开发了南京总医院网、南京总医院博士后科研工作站网等四个网站。
